Carta dei Servizi - Laboratorio di Citogenetica e Genetica Molecolare

Laboratorio di Citogenetica e Genetica Molecolare Dipartimento di Medicina Molecolare e Traslazionale Università degli Studi di Brescia

CARTA DEI SERVIZI 2017

M-AMM-01

Rev. 9 del 31.03.2017

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Il Laboratorio di Citogenetica e Genetica Molecolare (LCGM) dell’Università di Brescia è situato presso il Dipartimento di Medicina Molecolare e Traslazionale, viale Europa 11, corpo A, piano terra Tel 030.3717269 Fax 030.3717439 E-mail [email protected] WEB www.lcgm-geneticamedica.unibs.it E’ un Servizio di Genetica Medica specializzato, accreditato al Servizio Sanitario Regionale (SSR Lombardia n. 399). Eroga prestazioni nelle seguenti branche: - citogenetica - citogenetica molecolare - genetica molecolare - genetica clinica (consulenza genetica)

1. CITOGENETICA La citogenetica è la branca della genetica umana che studia il patrimonio cromosomico degli individui, cariotipo, per identificare eventuali anomalie, numeriche o strutturali, dei cromosomi stessi che sono alla base di condizioni patologiche specifiche, inclusa l’infertilità. L’analisi del cariotipo può essere eseguita sia in epoca prenatale, sia in epoca postnatale. In epoca prenatale l’analisi del cariotipo viene eseguita sulle cellule del liquido amniotico o su quelle dei villi coriali e permette di capire se il feto è portatore di alterazioni cromosomiche. In epoca postnatale l’analisi del cariotipo viene generalmente eseguita sui linfociti del sangue periferico e permette di riconoscere anomalie cromosomiche che si associano ad una condizione patologica, ad una riduzione della fertilità o ad una maggiore probabilità di generare figli affetti da patologia cromosomica. In ambito oncoematologico lo studio del cariotipo su sangue midollare è impiegato per l’identificazione di riarrangiamenti cromosomici acquisiti tipici delle neoplasie ematologiche, per il monitoraggio della terapia e del trapianto midollare. Prenatale Cariotipo costituzionale su liquido amniotico (metodo in situ) Cariotipo costituzionale su villi coriali (metodo diretto e coltura) Cariotipo costituzionale su sangue fetale Cariotipo costituzionale su materiale abortivo Postnatale Cariotipo costituzionale su sangue periferico (standard e/o alta risoluzione) Cariotipo costituzionale su sangue periferico per : studio riarrangiamenti cromosomici indotti (Bleomicina e/o DEB) studio del mosaicismo cromosomico Cariotipo costituzionale su fibroblasti cutanei Oncoematologica Cariotipo su sangue midollare Cariotipo su sangue periferico non stimolato

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Indagine Citogenetica

Tempi massimi di refertazione (gg)

Cariotipo da coltura di amniociti (liquido amniotico metodo in situ)

21

Cariotipo da coltura a breve termine di trofoblasto (villi coriali metodo diretto)

7

Cariotipo da coltura a medio-lungo termine di trofoblasto (coltura)

21

Cariotipo da coltura di linfociti da sangue fetale

7

Cariotipo da coltura da materiale abortivo

28

Cariotipo da coltura di linfociti

15

Cariotipo da coltura di fibroblasti ottenuti da biopsia cutanea

28

Cariotipo da coltura di sangue midollare

14

Cariotipo da coltura di sangue periferico non stimolato Per casi particolarmente urgenti i tempi indicati possono essere ridotti, previo accordo.

14

2. CITOGENETICA MOLECOLARE Le indagini di citogenetica molecolare, FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) ed Array CGH (Comparative Genomic Hybridization), si basano sul legame selettivo di sonde di DNA, coniugate con coloranti fluorescenti (fluorocromi), che riconoscono sequenze complementari a quelle presenti su un cromosoma o su un suo segmento.

Analisi FISH Possono essere utilizzate sonde: centromeriche, che permettono rapidamente di evidenziare anomalie numeriche dei cromosomi; painting, che colorano l’intero cromosoma, utili per classificare anomalie cromosomiche strutturali; locus-specifiche, che consentono di riconoscere specifici loci evidenziando delezioni e/o duplicazioni submicroscopiche; telomeriche, che identificano specificamente le regioni subtelomeriche presenti alle estremità dei cromosomi. La FISH offre una maggior risoluzione rispetto al cariotipo convenzionale, consente una migliore definizione di riarrangiamenti cromosomici, la caratterizzazione di anomalie strutturali non evidenziabili alla citogenetica classica che includono sindromi da microdelezioni, duplicazioni, traslocazioni criptiche, riarrangiamenti complessi, marcatori cromosomici. Limite della metodica è la specificità per il solo tratto di DNA interrogato.

Indagine Citogenetica Molecolare (FISH)

Tempi massimi di refertazione (gg)

FISH per indagini su campioni in prenatale

5-21*

FISH per indagini su campioni in postnatale

21

FISH per indagini su campioni in postnatale per riarrangiamenti subtelomerici

21

FISH per indagini su campioni oncologici 14 * i tempi possono variare se la richiesta è coincidente con l’arrivo del campione o se è generata da un approfondimento diagnostico.

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Tra le sindromi da microdelezione/microduplicazione indagate le principali sono:

Patologia

Tempi massimi di refertazione (gg)

Geni analizzati /regione cromosomica

Angelman Sindrome di

SNRPN/UB3A (15q11-q13)

21

Catch 22 (Di George Sindrome di)

TUPLE 1 (22q11.21)

21

Cri Du Chat Sindrome di

CTNND2/D5S2874 (5p15.2)

21

Di George II Sindrome di

DGCRII/D10S547(10p14)

21

Kallmann Sindrome di

KAL (Xp22.3)

21

Miller Dieker Sindrome di

PAFAH1B1 (17p13.3)

21

Pallister Killian Sindrome di

Telomero (12p)

21

Prader Willi Sindrome di

SNRPN (15q11-q13)

21

Smith Magenis Sindrome di

RAI1 (17p11.2)

21

Williams Sindrome di

ELN (7q11.23)

21

Wolf Hirschorn Sindrome di

WHSC1 (4p16.3)

21

Ritardo Mentale idiopatico isolato o sindromico Riarrangiamenti regioni subtelomeriche (telomeri)

21

Sul versante oncoematologico i principali riarrangiamenti indagati sono:

Patologia

Leucemia Mieloide Acuta (LMA)

Leucemia Mieloide Cronica (LMC) Studi interfasici post-trapianto di midollo osseo (allogenico)

Geni analizzati /regione cromosomica

Tempi massimi di refertazione (gg)

Traslocazione PML/RARA t(15;17) (q22;q21)

14

Traslocazione AML/ETO t(8;21) (q21;q22)

14

Traslocazione CBFB t(16 ;16) ; inv(16)

14

Delezioni FIP/Chic/PDGFRA (4q12)

14

Studio MLL (11q23)

14

Traslocazione M-bcr/abl t(9;22) (q34;q11)

14

Studio centromeri cromosomi X e Y (Sex Mismatch)

14

NOTA È possibile, previo accordo, l’esecuzione di analisi FISH con altre sonde commerciali, i tempi di refertazione dipenderanno dal tempo di approvvigionamento della sonda.

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Analisi CGH-Array L’analisi Array-CGH consente di identificare perdite o acquisizioni di sequenze di DNA lungo l’intero genoma in un'unica analisi con una risoluzione 100 volte superiore a quella possibile con le tradizionali tecniche di citogenetica classica su metafasi. Questa tecnologia è basata sulla comparazione di un campione di DNA test e uno di controllo, marcati con fluorocromi diversi e ibridati contemporaneamente a sonde di DNA adese ad un supporto di vetro (array). L’intensità della fluorescenza viene quantificata mediante uno scanner e successivamente elaborata da un software dedicato. La risoluzione della piattaforma attualmente in uso è di 50-150 kb su tutto il genoma. L’analisi Array-CGH in diagnosi postnatale si esegue su DNA estratto da sangue periferico o da altri tessuti (cute, mucosa buccale). E’ indicata in caso di: sospetta sindrome da microduplicazione/delezione, ritardo mentale isolato o sindromico, malformazioni congenite, fenotipi complessi, caratterizzazione molecolare di anomalie cromosomiche identificate mediante cariotipo convenzionale. L’indagine viene eseguita in diagnosi prenatale solo in particolari situazioni : riscontro di anomalie ecografiche e studio di riarrangiamento cromosomico fetale insorto de novo (compresi i cromosomi marcatori sovrannumerari). Il DNA può essere estratto da villi coriali, liquido amniotico, sangue fetale, biopsia cutanea fetale. La metodica non rileva i riarrangiamenti cromosomici bilanciati e i mosaicismi inferiori al 30%.

Indagine Array-CGH

Tempi massimi di refertazione (gg)

Array- CGH su campioni in diagnosi post natale

30-60

Array- CGH su campioni in diagnosi pre natale

10

3. GENETICA MOLECOLARE Le indagini di genetica molecolare consistono nello studio del DNA e dei suoi prodotti, RNA e proteine, le cui alterazioni possono essere correlate o responsabili di una particolare condizione genetica. Attraverso l’analisi molecolare è possibile identificare mutazioni geniche responsabili o predisponenti a malattie genetiche. Le analisi molecolari possono essere eseguite in epoca prenatale o postnatale a partire da diversi tipi di materiale biologico. Tali indagini sono svolte a fini assistenziali (inquadramento diagnostico e ottimizzazione terapeutica), di prevenzione (consulenza genetica preconcezionale e prenatale), e di ricerca (identificazione di nuove mutazioni, ricerca di correlazioni genotipo/fenotipo). Le analisi molecolari in epoca prenatale possono essere eseguite a partire da: villi coriali, cellule del liquido amniotico, sangue fetale, biopsia cutanea fetale, materiale abortivo Le analisi molecolari in epoca postnatale possono essere eseguite a partire da: sangue periferico, biopsie tissutali.

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Le analisi molecolari disponibili sono:

Patologia

Geni indagati

Metodo

Tempi massimi di refertazion e (gg) 21

Anemia Falciforme (drepanocitosi)

HBB

Aneuploidie 13,18,21 X e Y (QF-PCR)

Polimorfismi cromosomi QF-PCR 13,18,21,X e Y Test di Regione 15p11.2 Metilazione MS-PCR

2-3

Aortic Valve Disease di tipo 1 (AOVD1)

NOTCH1

seq

30

Arterie tortuose (ATS) Sindrome delle

SLC2A10

seq

30

Artrogriposi distale

TNNI2, TNNT3, MYH3, TPM2

seq

30

Atassia di Friedreich

X25

21

Atassia Spinocerebellare tipo 1 – SCA1

ATXN1

dim.all. LR PCR dim.all.

Atassia Spinocerebellare tipo 2 – SCA2

ATXN2

dim.all.

21

ATXN3

dim.all.

21

Atassia Spinocerebellare tipo 6 – SCA6

CACNA1A

dim.all.

21

Atassia Spinocerebellare tipo 7 – SCA7

ATXN7

dim.all.

21

Atassia Spinocerebellare tipo 17 – SCA17

TBP

dim.all.

21

ATN1

dim.all.

21

seq.

30

seq.

30

Angelmann, Sindrome di

Atassia Spinocerebellare tipo 3 – SCA3 Machado-Joseph-disease (MJD)

Atrofia dentato-rubro-pallido-luisiana (DRPLA) Beals-Hecht Sindrome di (Contratture congenite con aracnodattilia) Caffey, Malattia di

FBN2 (mutazioni ricorrenti) COL1A1

seq

21

21

Conservazione del DNA

5

Carcinoma renale papillare

c-met

seq.

21

Corea di Huntington

IT15

dim.all

21

Cutis laxa dominante di tipo 1 (ADCL1)

ELN (mutazioni ricorrenti)

seq.

30

Cutis laxa recessiva di tipo 2A (ARCL2A)

ATP6V0A2

seq.

30

Deficit di α1 Antitripsina

SERPINA

seq.

21

Deficit di G6PD

seq.

21

Disgenesia Gonadica

G6PD Ricerca SRY Sequenze Y Relate

PCR

21

Disomia Uniparentale- UPD

cromosomi 7, 9, 11, 14, 15

dim.all.

21

Displasia acromicrica/geleofisica

FBN1 esoni 41-41

seq.

30

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Displasia spondiloepimetafisaria con lassità legamentosa tipo 1 Distrofia Miotonica di Steinert

B3GALT6

seq.

30 21

Ehlers-Danlos di tipo classico

COL5A1*; COL5A2

Ehlers-Danlos forma progeroide tipo 1

B4GALT7

dim.all. e S.B. *seq. e MLPA seq. seq.

Ehlers-Danlos forma progeroide tipo 2

B3GALT6

seq.

30

Ehlers-Danlos di tipo vascolare

COL3A1

30

Ehlers-Danlos tipo cifoscoliotico

PLOD1

seq. e MLPA LR PCR, seq, MLPA

30

Ehlers-Danlos tipo artrocalasico

COL1A1 (esone 6), COL1A2 (esone 6)

seq.

30

Ehlers-Danlos tipo dermatosparassi

ADAMTS2

seq.

30

Ehlers-Danlos atipica

COL1A1, COL1A2

seq, MLPA

30

Ehlers-Danlos tipo cardiaco-valvolare

COL1A2

seq. MLPA

30

Ehlers-Danlos muscolocontratturale

CHST14, DSE

seq.

30

Ehlers-Danlos da difetto di Tenascina-X

TNXB

seq., LR PCR

30

Epidermolisi Bollosa Distrofica

COL7A1

seq.

30

Fibrosi Cistica

CFTR

21

FRAXA, Sindrome di (o S. di Martin Bell)

FMR1

FRAXE

AFF2

seq. dim.all. e South.Blot. dim.all.

FXTAS, Sindrome di

FMR1

dim.all.

21

FMR1

dim.all.

21

GBA

seq.

21

AR (esoni 1-8)

seq.

21

AR (seq CAG)

dim.all. Test di Metilazione MS-PCR

21

Fallimento Ovarico Prematuro, Sindrome da (POF) Gaucher, Sindrome di Insensibilità agli Androgeni, Sindrome da (AIS - Sindrome di Morris) Kennedy Malattia di (SBMA)

DM1

30 30

21 21

Lynch, Sindrome di

MLH1

Loeys-Dietz Sindrome di (LDS)

TGFBR1*, TGFBR2*, SMAD3, TGFB2, TGFB3

seq, MLPA seq.

30

Marfan Sindrome di

FBN1

seq. MLPA

30

MT-TL1

seq.

21

AZF a-b-c

PCR

21

Noonan/Leopard Sindrome di

PTPN11

seq.

30

Osteogenesi imperfecta

COL1A1 COL1A2

seq. MLPA

30

MELAS( Mitochondrial myopathy– encephalopathy–lactic acidosis–stroke syndrome) Microdelezioni sul Cromosoma Y (Yq)

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SNCA, α-sinucleina, PARK1 LRRK2 dardarina PARK 2 parkina PINK1, p-ten, PARK6 Polimorfismi vari cromosomi

Parkinson Malattia di

Polimorfismi fetali per esclusione contaminazione materna

seq. MLPA seq. MLPA seq. MLPA seq. MLPA

21

dim.all.

21

Test di Metilazione MS-PCR LR PCR, seq. seq.

Prader Willi Sindrome di

Regione cromosomica CR15p11.2

Pseudoxantoma elastico

ABCC6

Shprintzen-Goldberg Sindrome di (SGS)

SKI

Sordità (Ipoacusia)

gene GJB2 (connessina 26) delezioni gene GJB6 (connessina 30) gene GJB6 (connessina 30) DNA mitocondriale

seq. PCR seq. PCR e dig.enz.

21

Swyer Sindrome di (Disgenesia Gonadica)

SRY

seq.

21

Talassemia Alfa

HBA1, HBA2

MLPA, Seq

21

Talassemia Beta

HBB

seq., MLPA

21

Talassemia Delta

HBD

seq.

21

Talassemia Gamma

HBG1, HBG2

21

Talassemia HPFH e Emoglobina Lepore

HBB, HBD

Thoracic Aortic Aneurysm di tipo 4 (AAT4)

MYH11

seq. MLPA, GAPPCR seq.

Thoracic Aortic Aneurysm di tipo 6 (AAT6)

ACTA2

seq.

30

Thoracic Aortic Aneurysm di tipo 7 (AAT7)

MYLK

seq.

30

Tossicità al 5 fluorouracile (5FU)

DPYD

seq.

7

Thrombo-test resistenza al warfarin

VKORC1, CYP2C9

RDB

7

LOR

seq.

30

FBN1

seq. MLPA

30

seq. MLPA, altro

21

Vohwinkel Malattia di (Cheratoderma ereditario da difetto di loricina) Weill-Marchesani sindrome di Ricerca mutazione/i familiari NON comprese nella DGR 4716/2013 All. B

21 30 30

21 30

I tempi possono variare se la richiesta è coincidente con l’arrivo del campione o se è generata da un approfondimento diagnostico. LEGENDA: dim.all: dig.enz: LR PCR: MS-PCR:

dimensionamento allelico digestione con enzimi di restrizione long range PCR metilation sensible PCR

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QF-PCR: RDB S.B: seq:

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quantitative-fluorescent PCR reverse dot blot southern blot sequenziamento automatico del DNA

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NOTA Il laboratorio al momento opera come “SERVICE PASSIVO”. Non potrà pertanto essere applicata la normativa D.G.R. n. 34330 del 7 luglio 1999 che consente di reperire ed inviare mediante “service” campioni biologici a centri di riferimento nazionali ed internazionali per l’esecuzione dei test non direttamente forniti. Le modalità di prelievo, conservazione e trasporto del materiale biologico sono disponibili sul sito www.lcgm-geneticamedica.unibs.it – area operatori.

4. GENETICA CLINICA (CONSULENZA GENETICA) Il Servizio di Consulenza e Genetica Clinica si rivolge a persone affette o a rischio di malattie genetiche, assicurando un corretto inquadramento diagnostico di malattia, l’impostazione del follow-up assistenziale, la consulenza genetica in merito alle modalità di trasmissione della malattia, alla definizione del rischio riproduttivo dell’affetto e dei familiari, alle possibili terapie incluse le opzioni riproduttive. Durante la visita viene raccolta l’anamnesi familiare e personale del probando, viene ricostruito l’albero genealogico, viene esaminata la documentazione clinica e strumentale relativa alla patologia in esame, quando necessario, viene visitato il paziente. In base all’indicazione si effettuano le seguenti consulenze genetiche: Preconcezionale Valuta, in una coppia, il rischio di ricorrenza di una malattia ereditaria presente nella famiglia, o il rischio riproduttivo di una coppia che desideri pianificare una gravidanza. Prenatale Correlata alla diagnosi prenatale di una malattia genetica in presenza di una patologia genetica familiare o di un’anomalia riscontrata in ambito prenatale. Postnatale finalizzata all’inquadramento clinico diagnostico, alla prognosi e al rischio di ricorrenza/occorrenza di una patologia genetica in un bambino o in un adulto. correlata ai test genetici, atta cioè a fornire informazioni relative ai test genetici richiesti e all’interpretazione dei risultati degli stessi . Oncologica: permette di identificare persone ad alto rischio di insorgenza di tumori attraverso l'analisi della storia familiare e/o attraverso l'applicazione di test genetici. L’attività si avvale dell’interazione tra diversi specialisti che, in alcuni casi, sono organizzati in unità/ equipe dedicate. Per accedere all’ambulatorio chiamare il numero 030-3717269 tutti i giorni feriali dalle 8.00 alle 13.00.

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